جو نپتون و لکه تاريک بزرگ جو ضعيف نپتون شامل ٧٤% هيدروژن ، ٢٥ % هليم و حدود ١% متان مي باشد جو در پوشش  سياره ادغام مي شوند جو نپتون ابر ها ي يخي و طوفانهاي عظيمي دارد اين ويژگيها به سرعت به دليل بادهاي عظيمي که اطراف سياره مي وزند تغيير مي کنند نپتون سريع ترين بادها را در منظومه شمسي دارد در نماي يخي متان در قسمتهاي بيروني جو به نپتون رنگ آبي مي دهد متان قرمز روشن را جذب مي کند .

 

لکه تاريک بزرگ  لکه تاريک بزرگ نپتون به اندازه يک توفان زمان در جو اندک متان نپتون مي باشد اندازه شکل و جاي لکه بسيار زياد نوسان دارد آن حتي بر نمي گردد . ستون طوفان چپ گرد مي باشد بادهاي وحشتناک نزديک لکه توسط وياگر ٢ که حدود ١٥٠٠ مايل در هر ساعت اندازه گيري شده است آنها قوي ترين رکورد بادهاي منظومه شمسي ما مي باشد .